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es débris de végétaux, les restes de nourritures et les déjections des animaux sont composés essentiellement d’azote organique. Ces déchets doivent être éliminés rapidement de l’aquarium. Pour cela nous disposons principalement de deux moyens : l’extraction mécanique et l’épuration biologique.

L'extraction mécanique des débris avant transformation en substances nocives peut être réalisée de différentes façons :

Par un renouvellement partiel de l'eau : De 10 à 25% mensuellement, cette méthode reste la plus simple pour diluer la pollution et pallier aux principales carences.

Par le siphonage manuel des sédiments et déchets dans le bac lors du renouvellement partiel de l’eau. Grâce à un écumeur de protéines.

Par un piégeage des particules dans un bac de décantation externe à l’aquarium et par siphonage des sédiments et débris ‘capturés’.

Avec un filtre externe équipé de mousse en perlon.

Pour éviter une accumulation de déchets dans le fond du bac, il faut prévoir un volume de brassage important dans l’aquarium grâce à des pompes de brassage.

Si les déchets ne sont pas extrait de l’aquarium, c’est La microflore, une chaîne de détritivores et de décomposeurs, centimétriques puis millimétriques et enfin microscopiques, se chargent de la réduction successive des déchets.
Pour cette raison il faut chercher à conserver le maximum de ces précieux auxiliaires que sont les détritivores : Crevettes, vers, bernard-l’ermite [ou pagures], ophiures, amphipodes, etc. Jusqu'à la microfaune et cela même si l’aspect de ces petits animaux n'est pas toujours engageant.
Finalement ce sont les précieuses bactéries qui bouclent le cycle :

               a) Les bactéries aérobies, qui 'respirent' ou plutôt captent l'oxygène en dissolution dans l'eau, vont commencer le travail en transformant successivement les déchets organiques en décomposition : Ammonium (NH4) et ammoniac (NH3) en nitrites (bactéries nitrosomonas), puis en nitrates (bactéries nitrobacter).
 

C'est la phase de nitrification : NH3 et NH4 à NO2 à NO3          

               b) Si on en reste là, le milieu est suffisamment épuré pour convenir aux poissons, animaux supérieurs moins sensibles au taux de nitrates que les invertébrés.
Les bactéries anaérobies vont terminer le travail, c'est à dire compléter le cycle. En effet, en l'absence d'oxygène dissout, celles-ci vont extraire des nitrates l'oxygène nécessaire à leur métabolisme. L'azote (N2), gaz neutre est séparé de l'oxygène et rejeté sous forme gazeux.
C'est la phase de dénitrification NO3 à N2 qui se fait dans un milieu pauvre en oxygène ou hypoxique.

               Deux familles de bactéries différentes sont capables d'opérer cette dénitrification :
La famille des bactéries autotrophes (présentes dans le très efficace dénitrateur externe, le soufre servant de support aux bactéries) et celle des bactéries hétérotrophes (Ces bactéries sont hébergées dans des zones où l'oxygène pénètre difficilement avec une circulation très lente de l'eau. Dans les couches profondes du sable pour les systèmes J. Jaubert, et dans les anfractuosités internes de pierres poreuses pour la méthode berlinoise.

               Les solutions Berlinoises et Jaubert sont particulièrement bien adaptées aux bacs récifaux. Elles mettent en œuvre un système de traitement simplement amélioré de l’aquarium naturel imaginé en 1961 par Lee Chin Eng.